Pada 27 Februari 2002, sebuah kereta api dengan ratusan penumpang termasuk sejumlah besar penganut Hindu dibakar berhampiran Godhra , membunuh kira-kira 60 orang. Khabar angin tersebar bahawa orang Muslim bertanggungjawab dan keganasan anti-Islam meletus di seluruh Gujarat. Antara 900 ke 2000 terbunuh dan ribuan lagi cedera.Kerajaan Modi mengenakan perintah berkurung di bandar-bandar utama. Tentera dibenarkan menembak jika engkar arahan bagi mengekang keganasan. Walau bagaimanapun, pertubuhan hak asasi manusia, parti-parti pembangkang, dan sebahagian media menuduh kerajaan Gujarat membiarkan rusuhan meletus dan tindakan yang tidak cukup. Keputusan Modi hadir dalam pengkebumian Sevaks Kar di Godhra ke Ahmedabad telah dikritik kerana meledakkan lagi keganasan. Pada bulan April 2009, Mahkamah Agung melantik Pasukan Penyiasatan Khas (SIT) untuk menyiasat kerajaan Gujarat dan peranan Narendra Modi dalam insiden keganasan perkauman. Malangnya laporan SIT di mahkamah pada Disember 2010 mengemukakan laporan bahawa tiada sebarang bukti.

Mahkamah Agung melantik Raju Ramachandran pada 7 Mei 2012 yang Modi dan mendakwa Modi telah menghasut permusuhan semasa rusuhan Gujarat 2002. Laporan itu dikritik kerana bergantung sepenuhnya kepada keterangan Sanjiv Bhatt dikatakan mereka-reka bukti dokumen.Pada bulan Julai 2013, mangsa Zakia Jafri, balu pemimpin Kongres Ehsan Jafri yang terbunuh dalam pembunuhan beramai-ramai Persatuan Gulbarg kecewa kerana Modi masih tidak disabitkan bersalah.

Pada tahun 2012, Maya Kodnani , seorang lagi bekas menteri Modi (2007-2009) didapati bersalah kerana pembunuhan beramai-ramai Naroda Patiya semasa rusuhan 2002.